明熹宗朱由校喜欢视察边关，替他巡视边关的人也比较特别：因为这个组织叫“东厂”。
魏忠贤掌权后派遣自己的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人带着数万武器装备来到关门，供给边关军队，又用白金十万，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等银币赏赐将士，赐给孙承宗蟒服、白金等，表面上是慰劳军队，实际上是窥探军情。孙承宗出关巡视宁远，听到这个消息立刻上书给朱由校，说不能让宦官监军，但朱由校却回复说这没什么。使者到边关后，孙承宗只用茶水招待。
而此时魏忠贤企图扩张权利，见到孙承宗功劳非常高，想要攀附，于是派刘应坤向孙承宗表明自己的意思。但孙承宗见到刘应坤之后与他一句话也不说，魏忠贤因此记恨孙承宗。
魏忠贤迫害朝中大臣，将杨涟、赵南星、高攀龙等驱逐出京，孙承宗正在巡视蓟州一带，想到上反对奏书皇上未必会亲自阅览，于是以贺寿为由请求入朝面奏，借机弹劾魏忠贤。魏广微听说后将这个消息告诉了魏忠贤，说孙承宗打算以清君侧为由杀掉魏忠贤，魏忠贤于是跑到皇帝朱由校床前，哭着求情，顾秉谦也说没有圣旨私自离开防守的地方，不合法度。于是朱由校连夜召见兵部尚书，派三人骑快马阻止孙承宗。
魏忠贤又假传圣旨给九门的宦官，若孙承宗到了齐化门，就将他绑了。孙承宗到达通州后，接到朱由校的旨意，只好返回辽东。魏忠贤又让党羽李蕃、崔呈秀、徐大化上书诋毁孙承宗。孙承宗于是请求罢官。
熹宗便糊糊涂涂的许他免官，并给孙承宗加特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。而让兵部尚书高第为辽东经略。孙阁老坐镇辽东的四年，与天津巡抚李邦华、登莱巡抚袁可立遥相呼应，前后修复九座大城，四十五座堡垒，招练兵马十一万，建立十二个车营、五个水营、两个火器营，八个前锋后劲营，制造甲胄、军用器械、弓矢、炮石等打仗用的装备有几百万，开疆扩土四百里，屯田五千顷，年收入十五万。以至于努尔哈赤数载难进寸步。
高第上任后，将两百里守兵全部撤回，退守山海关。而袁崇焕却抗拒了高第的命令，不肯撤出宁远城，袁崇焕坚决表示：“我的官职是宁远道，我要死就死在这里，决不离开宁远一步！”高第没有办法，只好让他率领一小部分明军留下，接着高第就匆忙的下令尽撤锦州、右屯、大、小凌河及松山、杏山等地的明军和守城器具，退入关内。这个撤退命令来得十分突然，事前缺乏周密的组织工作，因此在撤退途中，人马争先恐后，乱成一团，连平日屯积在各地的10多万石军粮也丢弃了。老百姓平白无故地遭受逃难流亡的痛苦，在路上死亡的很多，到处听到悲惨凄苦的哭声。百姓怨恨，军队更加没有斗志了。锦州、右屯和大、小凌河等地城堡均被放弃。唯袁崇焕申明利害，与祖大寿、满桂誓守宁远。
当然努尔哈赤也没闲着，派兵丁至沈阳营造城池，招募良匠，建筑宫殿，中置大殿，名笃恭殿，前殿名崇政殿，后殿名清宁宫，东有翔凤楼，西有飞龙阁，楼台掩映，金碧辉煌，虽是塞外都城，不亚大明京阙。与明天启五年、后金天命十年（1625年）三月，努尔哈赤迁都沈阳。遂率六宫后妃，满朝文武，齐至沈阳，犒饮三日，后来改名盛京。
移都事毕，努尔哈赤命人探听明边消息，闻孙承宗免职，改由高第继任，正思发兵犯边，旋接到守备尽撤的实信，努尔哈赤遂亲统八旗军约六万人（号称十三万）于1626年（明天启六年、后金天命十一年）正月十四出沈阳，十七日西渡辽河，直逼宁远。此时孤城宁远守军不满两万，前有劲敌，后无援兵，形势险恶。
宁远城位于山海关外100公里左右，居辽西走廊之中，“内拱岩关，南临大海，居表里之间，屹为形胜”，在1428年（宣德三年）设立宁远卫。嘉靖四十三年（1564年），副使陈绛重修宁远城。全城呈正方形，共四个门；周长六里八步，高二丈五尺；池深一丈，宽二丈，周长七里八步，这样的小城，无论如何不能与有精锐明军守卫的沈阳、辽阳等关外重镇相提并论。
且说努尔哈赤到了宁远城，遥见城上旗帜鲜明，戈矛森列，中架大炮一具，更是罕见之物，努尔哈赤不觉惊异起来，命军士退五里下寨，横截山海大道，安营布阵，切断宁远与关内的联系，在城北扎设大营。