却说扬州被清兵攻入，警报传至南京，马士英急遣总兵郑鸿逵，副使杨文聪，率师堵截江上。
这郑杨两人，都属于马党。二人率师堵截江上，郑鸿逵隔江乱放炮弹，清军佯败，以大筏置灯火于江中。杨文聪直向妻兄马士英报捷。是夜清兵乘夜，渡江而来。待明营惊醒，清兵已经杀入，郑杨二人不知所措，只得率兵逃走。杨文聪逃至苏州，清军派降臣黄家鼒劝降，杨文聪将其斩首。再退至处州（浙江丽水市），大募义军。而郑鸿逵则退往杭州，清兵遂进陷镇江。
那时弘光皇帝恰罗列美女，饮酒取乐，至镇江失守的信息，报入宫中，他还拥着美人，不住的饮酒。次日，又有太监入报，清兵自丹阳句容向南京袭来，至是弘光帝方有些着急，连唤奈何。太监道：“现闻黄得功屯兵芜湖，请皇上赶紧前去，叫他保驾才好。”弘光帝朱由崧忙收拾行装，连夜率内官四五十人骑马出通济门。
天亮后百官入朝，见宫女、内臣、皆逃奔西华门外，方知朱由崧已出逃。马士英忙入宫中，见太后皇后，正在着忙，哭得似泪人儿一般。马士英遂命侍卫备驾出宫，自与阮大铖率亲兵数千名，挟了太后皇后等，匆匆逃去。南京市民亦救北来太子出狱。
弘光元年、顺治二年（1645年）五月十五日，多铎率清兵进入南京，魏国公徐文爵、保国公朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，及尚书钱谦益、大臣赵之龙、大学士王铎、都御史唐世济等人剃发降清。
休息一天，多铎又遣贝勒尼堪，贝子屯齐，进兵芜湖，追擒弘光帝。适遇明将刘良佐率兵来降。尼堪令为前驱，直达芜湖江口。
此时江北四镇豪杰被杀，刘泽清、刘良佐降清，只剩了一个黄得功，他前时奉命去攻左良玉，而左病死于九江舟中，其子左梦庚败走，黄得功遂回屯芜湖。忽见弘光帝狼狈奔到，他尚对京城变故一无所知。当知道自己的“天子门生”是张皇失措，弃都而来时。内心不胜感慨，但仍然决定以死报国，对这位新君效忠到底。
不数日，清兵已到江口，得功戎装披挂，执了佩刀，坐下小舟，督部下渡江迎战。遥闻对岸有人大叫道：“黄将军何不早降？”
黄得功视之，乃刘良佐，不觉怒叱道：“汝乃甘心降敌么？”
言未毕，忽有一箭射来，正中喉间左偏，鲜血直喷，黄得功痛极，拔去箭镞抽刀自杀。总兵田雄，见得功已死，起了坏心，与马得功、丘钺、张杰、黄名、陈献策冲上御舟，劫持弘光帝，复令兵士缚住弘光爱妃，送至对岸，献入清营。尼堪命将弘光帝及爱妃，推入囚车，解至南京。
至南京，豫王多铎命去锁链，以红绳捆绑。五月二十五日，朱由崧乘无幔小轿入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝布袍，以油扇掩面，两妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。多铎在灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。宴罢，拘弘光帝于江宁县署。可怜这位风流天子，只享了一年艳福，到此身为俘虏。至1646年四月九日，有人向摄政王多尔衮进言，称在京居住的故明衡王、荆王欲起兵反清。五月，弘光帝与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斩首于菜市口（一说朱由崧以弓弦勒毙），年仅四十岁。朱由崧王妃黄氏之弟黄盐梅购得棺木，与黄妃合葬于河南孟津县东山头村。
江南已定，范文程、洪承畴等，撰颂词，修贺表，又有一番忙碌，过了数日，又有捷报传来，是英亲王阿济格，报称追逐李自成，战无不胜，后李自成遁至武昌，入九宫山，被村民斫毙，获住贼叔及妻妾，并死党左光先、刘宗敏等，俱审实正法了，一代闯王至此潦草落幕。
李自成原名鸿基，小字黄来儿，又字枣儿，万历三十四年（1606年）出生，世居陕西榆林米脂李继迁寨。童年时给地主牧羊，曾为银川驿卒。
崇祯二年（1629年）起义，先是参加了王左挂的农民军。当年后金第一次入塞，北京震动，大将袁崇焕被崇祯帝凌迟处死。崇祯三年王佐挂被明廷招降，李自成转投奔张存孟（不沾泥），担任队长一职。
崇祯四年（1631年）四月，张存孟在陕北战败降明。十月，洪承畴正式接任三边总督，大力围剿农民军。李自成遂于崇祯六年（1633年）率余部东渡黄河，在山西投奔了他的舅父闯王高迎祥，称“闯将”。同年，曹文诏率千余关宁军击败山西境内的农民军，高迎祥、李自成、张献忠等均逃到河南之后被曹文诏、左良玉等多路明军包围。
然而，崇祯七年（1634年），后金军第二次入塞，曹文诏被调到大同抗金，被围农民军从王朴处突围。是年六月，新任五省总督陈奇瑜乃引军西向，约会陕西、郧阳、湖广、河南四巡抚围剿汉南农民军。高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等部见明军云集，误入兴安车箱峡，峡谷之中为古栈道，四面山势险峻，易入难出，唯一出口为明军所截，再次情势危殆之际，李自成用顾君恩之计，贿赂陈奇瑜左右人士，向官兵诈降。陈奇瑜释放李自成等人，派五十多名安抚官，将农民军遣送回籍。刚出栈道，李自成立刻杀安抚官。
崇祯八年（1635年），洪承畴任五省总督后围剿民军，农民军退到河南洛阳一带。此时十三家七十二营起义军在河南荥阳召开荥阳大会，包括高迎祥、张献忠、老回回、罗汝才、革里眼、左金王、改世王、射塌天、横天王、混十万、过天星、九条龙、顺天王等。李自成提出“分兵定向、四路攻战”方略。会后李自成与高迎祥、张献忠率部攻下南直隶凤阳，掘明皇室的祖坟，焚毁朱元璋曾经出家的“皇觉寺”，杀宦官六十多人，斩中都守将朱国相。因争夺凤阳皇宫的俘虏小太监和鼓吹乐器，李自成与张献忠结怨，李自成分军西走甘肃。
崇祯九年(1636年)，高迎祥被新任五省总督卢象升击败，包围在郧[yun]阳山区（隶属于湖北省十堰市）。高迎祥欲率军出汉中，谋攻西安。行至黑水峪（今陕西周至县黑河水库），遭到陕西巡抚孙传庭伏击，兵败受俘而死。高迎祥牺牲后，其残部投奔李自成，李自成便被推为“闯王”，继续征战四川、甘肃、陕西一带。
崇祯十年（1637年），杨嗣昌会兵10万，增饷280万，提出“四正六隅，十面张网”策略，限制农民军的流动性，各个击破，最后歼灭。此举在两年内颇见成效。张献忠兵败降明，李自成在渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的埋伏被击溃，带着刘宗敏等残部17人躲到陕西东南的商洛山中。
崇祯十一年（1638年）八月，清兵从青口山（今河北迁安市东北）、墙子岭（今北京密云东北）两路毁墙入关，发动了第四次入关作战。杨嗣昌为贯彻其“安内方可攘外”的战略，力主与清议和，但遭到宣大总督、勤王兵总指挥卢象升等人的激烈反对。崇祯和战不定，卢象升在河北巨鹿战死。清兵撤退后，孙传庭、洪承畴等人均被调往辽东防范清军，李自成在山中得以喘息。驻扎在富水关南的生龙寨，并于当年冬天娶妻生子。
崇祯十二年（1639年），张献忠在谷城（位于湖北襄樊）再次反叛明廷，李自成从商洛山中率数千人马杀出。崇祯十三年（1640年），李自成趁明军主力在四川追剿张献忠之际入河南，收留饥民，开仓而赈饥民。“远近饥民荷锄而往，应之者如流水，日夜不绝，一呼百万，而其势燎原不可扑”。自此，李自成军队发展到数万，提出“均田免赋”口号，即民歌之“迎闯王，不纳粮”。
崇祯十四年（1641年）正月二十日，李自成攻克洛阳，杀万历皇帝的儿子福王朱常洵，从后园弄出几头鹿，与福王的肉一起共煮，名为“福禄宴”，与将士们共享。同时，李自成没收福王府中金银财货和大批粮食、物资，发布告示大赈饥民。之后，在一年半之内，三围省城开封未果，最后一次崇祯十五年（1642年）黄河决堤冲毁开封。先后杀死陕西总督傅宗龙、汪乔年。十月，在河南郏县败明陕西巡抚孙传庭。
崇祯十六年（1643年）正月，李自成攻下承天，被举为“奉天倡义文武大元帅”。三月，李自成改襄阳为襄京，称“新顺王”，同月，杀与之合军的农民领袖罗汝才和革左五营的贺一龙。四月，杀叛将袁时中。五月，张献忠克武昌建立“大西”政权。十月，李自成攻破潼关，斩杀明将孙传庭，占领陕西全省。
1644年，崇祯十七年、大顺永昌元一月，李自成在西安称帝，定都西安，建国号“大顺”，改元“永昌”。封功臣以五等爵。四月二十五日，攻入紫禁城。
时至1645年，清军分水陆两路突然来袭，李自成仓促弃武昌向东南进发。四月，清军在湖北阳新、江西九江接连大败大顺军，切断其东下去路。李自成见东下已无可能，便掉头向西南进军，准备穿过江西转入湖南。五月初，大顺军到达湖北通城九宫山麓时，李自成率轻骑20余人登山探路，被当地民兵武装姜大眼杀死，尸首秘密埋葬，李自成战死后，农民军悲怒交集，立即扫荡九宫山区，对当地民众予以报复性打击。大顺军余部称李自成为先帝，其妻高氏为太后，李锦推举李自成三弟李自敬为首领，至此一代枭雄落幕。
又过了数日，豫亲王多铎报称，安庆、宁国、常州、苏州、松江各府，统已降顺，别遣贝勒博洛，及新授援浙闽总督张存仁，南下杭州去了。此时佳音迭至，喜气盈廷，皇太后吉特氏，及摄政王多尔衮，统喜欢得了不得。两人复私下商议，南征西讨诸将帅，在外多时，应召他回朝休养，再作后图。遂令英亲王阿济格、豫亲王多铎奏凯还朝。