康熙二十二年（1683年），施琅督率水军由铜山出发。在进攻路线的选择上，施琅根据风向和敌方防御情况的情报，决定清军船队从铜山（今福建东山岛）启航，乘六月的西南季风向东穿越台湾海峡。首先夺取地处澎湖主岛以南、郑军防守薄弱的八罩岛。
郑军守将刘国轩四面筑垣，环列火器，把澎湖守得格外严密。施琅遣蓝理为先锋，乘潮进薄，自乘楼船继进。国轩令守兵连放火炮，间以矢石，自昼至夜，相持不下。忽然飓风大起，波如山立，战船随流簸荡，支撑不住。刘国轩驾船而出，直冲楼船，施琅急督兵迎敌，猛被一箭射来，琅不禁失声，几乎跌倒。幸亏总兵吴英，见主帅受伤，一面令亲卒保护施琅，一面率军士力战，炮矢齐发，射退刘国轩，大风亦渐渐平息，两边鸣金收兵。
由于初战失利，施琅很快吸取教训，对下一步作战行动进行了周密筹划和部署。施琅将清军分为四部分，施琅亲率56只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫；总兵陈蟒等率领由50只战船组成的东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫；总兵董义等统率另50只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯动登陆，牵制西面的郑军；其余80只战船作为预备队，仍用蓝理为先锋，随主攻部队跟进。
刘国轩见清军继出，正拟坚守，仰见东南角上，微云渐合，立命发兵。曾遂道：“施琅再来，必惩前辙，我军不如固守为是。”
国轩道：“今日必有大风，正可一鼓歼敌。”
曾遂问道：“主帅何以知有大风？”
刘国轩以手指东南角，示曾遂道：“汝在海上多年，难道不知海上气候，云合风生，雷鸣风止么？”曾遂喜跃而出，率领战舰，先来迎敌。适遇一清舰驶至，舟上大书“蓝理”二字，曾遂知清军前锋已到，喝令水兵接仗。
蓝理脱掉上衣，赤膊上阵，接连斩杀了十几个守军，自己身上虽然也受了几处刀伤，但他全然不觉，仍然拼命地厮杀。双方从辰时战至午时，海上硝烟弥漫。蓝理越战越勇，突然一枚炮弹飞来，弹片击中其腹部。蓝理倒下，曾遂大叫：“蓝理死了！“蓝理之弟蓝瑶将蓝理扶起。蓝理挣扎着站起来，握紧拳头大喊：“蓝理没死，曾遂死了！“并连呼：“杀贼！杀贼！杀贼！“声大如雷，清军士气大振。
这时，蓝理的肠子已经流出来。族人蓝法为他将肠子捧放入腹，并为他包扎穿衣。蓝理全然不顾，还在大喊杀贼。双方都以铁钩钩住对方船只，往对方掷火箭、火龙、火罐。蓝理命以火药桶攻敌，击沉二艘，烧死无数。施琅闻蓝理被伤，急率军舰上前，命人将其载回营中。
此时国轩已联樯而来，接应曾遂，奋力相扑。施琅命各队分列，人自为战，枪戟并举，箭弹互施，杀得天日无光，风云变色。突然间天空中一声霹雳，响彻海滨，刘国轩不胜惊愕，曾遂以下诸将士，都相顾失色，军心一乱，哪里还愿抵敌？眼见得败阵退还。清军乘势掩杀，焚毁敌舰百余艘，毙敌兵万余名，刘国轩仓卒退至牛心湾，遇清将魏明杀来，不敢抵当，另走鸡笼屿，又遇着清将陈蟒，前后左右，统是清兵，没奈何逃奔台湾去了。
施琅乘胜至台湾，舟泊鹿耳门，胶浅被搁，郑军军舰来击。施琅连忙对仗，怎奈敌兵如蚁而来，施琅舟不能动，被他四面围住。正紧急间，蓝理摇舟来救。郑军大惊，相率披靡。蓝理左手执盾，右手执刀。跃上敌船，连斩巨魁十余人，乃请施琅易舟，施琅执蓝理手，并问创疾。蓝理笑道：“主帅有急，就使创裂至死，亦顾不得许多。”遂与施琅轰击郑军，郑军退去。
此后，施琅一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在施琅大军压境之下，郑克塽茫然地说：“现在台湾人心风声鹤唳，士卒满目疮痍，再战下去恐怕难以取胜。还是应当请降，以免今后追悔莫及。”
八月十三日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。施琅入台之后，主动前去祭郑成功之庙，对郑氏父子经营台湾的功绩作了高度的评价，并称郑氏收复台湾是为国为民尽职的举动。
施琅遣人由海道告捷，上疏时将蓝理列为首功。不过澎湖海战后，蓝理居家侍奉双亲，不久因父亡故，又在家服丧。康熙二十七年，蓝理奉诏晋见皇帝。康熙念念不忘他澎湖拖肠血战之功，特召他到面前，询问血战时状况，叫解衣察看伤处，康熙抚摸着伤疤，感叹不已。有一次还引见与太后说：“这就是破肚总兵。“为表彰蓝理功绩，康熙先后两次为蓝理题写御书榜文：“所向无敌“和“勇壮简易“，赐蓝理花翎、冠服，从此“破腹将军”名闻全国。
却说施琅收复台湾，康熙帝大喜，封施琅为靖海侯，命克塽等入都，授郑克塽海澄公，刘国轩、冯锡范亦封伯爵。遂于台湾辟地垦荒，设一府三县，隶属福建省。自是清朝威力，远达海外，琉球、暹罗、安南诸国都，遣使朝贡，连欧洲的意大利、荷兰等国，亦通使修好，请开海禁，求互市。
朝廷商议准海滨通商，废除明朝以来的禁海令，设粤海、闽海、浙海、江海四关，置吏榷税，这也就是以后沿海通商的基础。