明军的人数虽然较少，但身处万里之外的异国他乡，又都是经历了明末以来连年战事的百战老兵，兵卒精炼，战意如虹，一时间横扫北印度。
孙可望更派遣窦名望率军进入阿富汗地区，在当地招募了大批英勇善战的骑兵，编为三千营补充明军的骑兵弱点。
孙可望是基督徒，呆迷儿帝国名义上的领袖太平天国皇帝朱由榔和幼天王也都是基督徒。而在北印度，大量锡克教徒、缠回、印度教徒混居，民族隔阂，宗教压迫，无处不在。
这一切都让孙可望忧心忡忡，深感天竺固然富裕，但要治理妥当的难度，远比下缅甸要高。
何况明军在缅甸时，焚毁佛寺、攻灭部族，根本就没打算在当地久居下去。
现在到了印度，孙可望已有长期盘踞，作为明朝中兴之基的考虑，因此也就绝不可能再继续实行缅甸行营时期的拷掠政策。
为此，孙可望挟战胜之威，采取高度集权、开明的君主专制统治，实行了行政、经济、司法、军事、宗教等一系列改革。
孙可望泛吸纳印度教徒加入统治阶层，掌管军政事务，来化解宗教之间的矛盾，并且借助他们的力量，压制反抗明军的莫卧儿帝国回回王公的势力。
他建立了一套司法制度，在各省各县设立法庭，甚至在每个村庄也尽量安排人处理地方司法事件。回回教法的权威，或者印度地方宗族习惯法的力量都被极大削弱，代之以较为公正的律法。由于加强了对地方的控制，盗匪也变得稀少。
呆迷儿帝国继续延续了行营时期对贪官污吏剥皮实草的办法，孙可望下令严惩贪污，绝不许地方中饱私囊。因为有成效的反贪，他得以减少对人民的剥削，经过丈量的田地既可以用货币也可以用实物纳赋，田赋被规定决不能超过收成的四分之一。
为了巩固对新占领的各地统治权，也是为了将庞大的帝国紧密联系起来，孙可望发展交通、运输和驿站，像朱元璋一样广修道路，恢复明初那样的制度，令驿传遍布疆土。各条大道道路两边广植树木给行人带来阴凉，还有许多驿站和旅店供过路者休息。
孙可望虽然是基督徒，但他对待印度人数最多的印度教教徒时，却比过去的回回统治者更加宽容。
这种宽厚博大的统治，在充满隔阂与割裂的古印度是前所未有的。孙可望在他统治的短短几年里，就令北印度政通人和，百废俱兴。
呆迷儿帝国彻底废除了莫卧儿帝国时期的包税人制度，重用大批印度教教徒担任税吏，又尽可能地将回回王公的采邑领地全部收归国有，改付他们以丰厚的俸禄。
鉴于西营在川滇地区实行营庄制的历史经验，孙可望又在北印度进行了影响极为深远的土地制度改革。
他任命王尚礼总理八省营田事务大臣，确定统一的度量衡制，然后开始对全国土地进行丈量，按照肥沃程度将土地分为四等，并规定每一等级土地的税收标准。税收总额有所减少，但由于开支也相应减少，政府净收入能保持不变。这些措施，不同程度地减轻了农民的负担，促进了经济的发展。
接着孙可望又下令迁都，将首都从回回王公势力强大的莫卧儿帝国旧都阿格拉，迁至了德里附近新营建起来的新城复天府。
在莫卧儿帝国的残骸上，孙可望彻底改革行政规划，效仿明朝的行省制度，建立起了两京八省的新版图：
以德里附近营建的新都为北京复天府，以莫卧儿帝国的故都阿格拉为南京兴天府；
然后设置了拉合尔（上五河省）、木尔坦（下五河省）、德里（天竺省）、阿格拉（西河间省）、阿瓦德（河北省）、阿拉哈巴德（东河间省）、比哈尔（山南省）、孟加拉（江洲省）共八个行省。
不久窦名望在阿富汗招抚部落骑兵成功以后，孙可望又派兵占领喀布尔，设立了阿富汗（山北）宣慰司。
孙可望本人则在镇压拉杰普特人的战争中，在攻打拉杰普特人的卡林雅尔堡垒时，虽然取得了胜利，自己却因为火炮炸膛而不治身亡。
这也打断了孙可望篡位的进程，在讨伐拉杰普特人的时候，孙可望其实已经开始着手废除明朝皇帝和幼天王的地位了。
但是他的意外去世，使得篡位之说成为泡影，继承孙可望东王位置的第二代东王孙征淇，听从了金堡的建议，决定按照印度本地的传统，改称东王沙。
东王沙在德里（复天府）举办了一次着名的宗教讨论会，博学的回教学者、婆罗门教徒、印度教唯物主义者、基督教徒、耆那教徒、佛教徒、犹太教徒和拜火教徒，在这次盛会中轮流发言。
孙征淇鼓励他们畅所欲言，广泛地听取意见。最后他决定按照回教和基督教的传统，奉明帝和幼天王为名义上的宗教领袖，由自己以东王沙的名义执掌呆迷儿帝国的一切军政实权。
稳定内部，建立起了巩固的东王沙体制以后，孙征淇就派冯双礼南下重新打败了拉杰普特人，为孙可望报仇，并在拉杰普特地区设立了拉杰普特（漠南）宣慰司，对当地桀骜不驯的王公采取了羁縻政策。
如此，经过孙可望、孙征淇父子两代的努力，明朝终于在北印度实现了真正意义上的中兴，并且很快就依靠着宗教宽容的政策以及先进的军事行政组织和技术，在印度全境展开了迅猛的扩张，并在第三代东王沙时，基本统一印度全境。
欧洲人在16世纪中叶发现了印度洋的南部航线。相比前辈航海家的线路，现在欧洲商船可以不用停泊东非和印度海岸，过好望角直接乘西风漂流，沿澳大利亚外海就可以到达爪哇和香料群岛。
到了17世纪中叶，印度洋上形成了这样的图景：南方大洋里的“干线”航线在几乎属于欧洲人的盖伦船，沿海的贸易则仍然由印度洋沿岸的国家的商船进行。
地中海的贸易在16世纪曾经几起几落，但是历史的进程还是难以阻挡的。1580-1600间，地中海贸易最终衰落。
陆上商路，由于目的地完全不同，倒是还没有受到直接冲击。呆迷儿帝国很快就复兴了阿富汗商路，让喀布尔这座城市继续保留着商业中枢的地位。