十几个西班牙人和荷兰人逃了回去，向讲述了中国人是如何歼灭联合舰队，屠杀俘虏。
整个马尼拉和巴达维亚陷入巨大的恐慌，大量商人离开。
福建总督衙门，朱由检一身素衣。
福建之战，军民死伤惨重，尤其是老将袁可立之死，令朱由检难掩悲戚之色。
孙承宗来信了，说袁崇焕、卢象昇不可再滞留在福建，应尽快返回驻地，催促朱由检尽快返回京师。
大战之后的福建满目疮痍，元气大伤。
朱由检召见了郑芝龙，开门见山说道:
\"福建之役，你居功至伟，朕要好生赏赐你。\"
郑芝龙道:\"保家卫国，造福桑梓，是臣应尽的责任，何需赏赐。\"
朱由检连问了三遍有什么要求，郑芝龙才说道:\"臣与部下，当初当海盗，大多有着不得己的苦衷，并不是存心和朝廷作对，希望朝廷不咎过往，给我们一个名分一个出路。\"
当海盗终究是没有出路的，只有洗白上岸才能善终。
朱由检爽快地答应:\"这没有问题，叫他们来，朕亲口对他们说。\"
郑芝龙将郑芝豹、郑芝凤、陈鹏、林察、陈麟、杨耿、苏成、郑然、蔡骐、林宏、郑成、许泽、杨耿、陈盛宇、吴玉、谢旭、陈国等手下将领悉数叫了进来。
这些将领在厦门海战中立下了汗马功劳。
朱由检勉励他们道：＂你们的忠心和勇敢朕都看在眼里记在心上，朕是不会亏待你们的。
朕决定设立澎湖镇，负责东蕃岛、澎湖岛、厦门岛、金门岛水上防务。
任命郑芝龙为澎湖镇总兵官。
任命郑芝凤为副总兵官。
郑芝龙以下各级将领各有任用。
从今以后，你们就是朝廷的人了。希望你们遵守朝廷法纪，再接再厉，再立新功。＂
郑芝龙喜出望外，从从今以后，郑家军不必再背着海盗的恶名，还有了名正言顺的安身之所。
朱由检望了郑芝龙一眼，继续说道：＂有国才有家，希望你们不要辜负朕的期望。＂
郑芝龙双膝跪下说道：＂皇上放心，微臣会洗心革面的。＂
朱由检郑重地点了点头。
杨嗣昌对设立澎湖镇很忧虑，入暮时分悄悄求见朱由检，说道：＂皇上设立澎湖镇，归谁节制？＂
朱由检道：＂自然是归福建总督衙门节制。＂
杨嗣昌道：＂郑芝龙本来就有兵、有钱，现在又有了名份和地盘，迟早尾大不掉。臣觉得还是厚赏之，让他将水师船队交给朝廷的好，或者将其拆分成几部，调往辽东、山东、江苏、浙江、广东。＂
朱由检道：＂疑人不用，用人不疑。朕如果疑他，他也必定疑朕。朕不疑他，他有什么理由疑朕。＂
杨嗣昌道：＂郑芝龙毕竟是海盗出身，臣还是担心他积习难改。＂
朱由检淡淡一笑，\"郑家军在福建之战的表现，你们也看到了。要停止内斗，团结一切可以团结的力量，一致对外。\"
仗义每是屠狗辈，负心多是读书人。明朝灭亡后，坚持抗击满清到最后，保护南明朝廷到最后的一个是流寇的养子，一个是海盗的亲儿子，灭南明最起劲的却是明朝曾经的肱股之臣。
卢象昇和袁崇焕先后返回驻地。
临行前，朱由检对他们说道:\"忙着和西洋人打仗，这些天也没功夫和你们说说话，你们还好吗？\"
卢象昇道:\"臣在宣大还好，蒙古人还算消停。只是皇上清减了不少，宜善加保养。\"
袁崇焕:\"臣也很好，辽东还算好。\"
朱由检问:\"多尔衮有什么异动没有？那厮比黄台吉更可恶，也打死了才好！″
袁崇焕欲言又止，他隐隐听到许多传言，说黄台吉是诈死，死的是替身，真的黄台吉好好活着，在赫拉木图操控多尔衮。
又有传言，说黄台吉诈死是与辽东督师袁崇焕合演的一出双簧，说袁崇焕其实是内奸叛徒。
所有这些，令袁崇焕既惊且惧，惶惶不可终日。
袁崇炽死也不信死的黄台吉是假的，可是逃回来的辽民言之凿凿，黄台吉真的没死！
假如这一切是真的，袁崇焕长一百张口也辩不清楚。
卢象昇和袁崇焕先后走了，朱由检也准备返京。
这时候，西班牙新任马尼拉总督理查德亲自到福州来，要求和谈，希望恢复和明朝的贸易。
朱由检让杨嗣昌和他谈。
西班牙被打出了翔，理查德却还是改不了殖民者的傲慢，开口第一句话就把杨嗣昌惹毛了。
＂福建发生的事是一个误会，西班牙希望和中国建立面向未来的合作关系。＂
听完通事的翻译，杨嗣昌怒道：＂你问问他，是不是没有睡醒？福建最少有二十万人死于这场战乱，他居然说是一场误会？你告诉他，这一笔血债不是想赖就能赖掉的。＂
理查德问：＂怎么才能让这件事过去？＂
杨嗣昌答：＂血债还需血来偿。＂
理查德问：＂我们愿意赔偿一百万两白银，可以吗？＂
杨嗣昌嗤之以鼻，从牙缝里挤出一个字：＂滚！＂
理查德被遣送出境。
第二天，荷兰人也派了谈判代表来，朱由检拒不接见，二话不说将之驱逐出境。
西班牙和荷兰失去了在东亚最重要的贸易对象，急得像热锅上的蚂蚁，却无计可施。
崇祯四年十二月十九日，朱由检启程返京。
锦衣卫护送着袁可立的棺椁，走在队伍最前面。
雪天路滑，崇祯五年正月初六，朱由检抵达京师近郊，孙承宗率文武大臣，顶着鹅毛大雪在路边等候。
朱由检从马车上下来，望着一望无际的茫茫雪原，脑海中又浮现出一幅幅惨烈的画面。
一将功成万古枯，诚哉斯言！
朱由检伸手去拂袁可立棺椁上堆积的厚厚白雪，悲从中来，禁不住眼中泛起泪花。
孙承宗安慰道：＂袁可立忠贞不二，战死沙场，正得其所。人死不能变生，请皇上节哀顺便。＂
朱由检无言以对，辍朝三日，命徐光启、文震孟、刘鸿训为袁可立治丧，命孙承宗代拟祭词，代祭，命刘宗周传传，代拟墓志铭。
三日后，封袁可立为忠义侯，世袭罔替，谥文毅，追赠太子太师，兵部尚书，都察院右都御史。
二十七日后，葬于皇陵左下侧，下葬日，朝中四品以上文武官员悉受到场，备极哀荣。