前情提要：因为一次意外毛利兰，毛利小五郎，柯南和苍天蓝羽四人阴差阳错搭上了旗本家族包下的豪华客轮，船上除了毛利四人组外就是旗本一家还有一位老管家共计有十个人，然而在返回东京的途中旗本家家主旗本豪藏却在房间里被人杀害，嫌疑人是刚与旗本夏江结婚的养子旗本武，而旗本武原来是财城产业老板的儿子，但财城因公司被旗本家吞并而自杀身亡，旗本武被众人反锁在仓库之后却又发生了另外一桩悲剧，旗本秋江的丈夫旗本龙男也被人杀害，而旗本武则从仓库里神秘消失。
连续死亡两人后所有人忧心忡忡的待在餐厅里，旗本夏江走上去安慰正在哭泣的旗本秋江“姐姐。”
旗本秋江转过身“都是你不好。”
“啊？”
“都是你把小武带进我们旗本家，才会发生这种事情的，这全部都要怪你，都是你不好！”
旗本麻理子说道“说的对呀，自己的先生杀害了父亲，然后再继承所有的遗产，这就是你的目的对不对？”
“不是这样的，我从来就没有想过继承遗产。”
柯南说道“其实啊，凶手还不一定就是小武先生。”旗本家里的人听见柯南说的话感到大吃一惊。
“柯，柯南。”
“你们想想看嘛，我们到的时候仓库并没有锁啊，对不对？”
“这么说的话……”
苍天蓝羽说道“没记错的话那个仓库上面的锁是要在外面才能打开，在里面根本就没有办法打开。”
毛利小五郎说道“对呀，而且门也没有被打坏呀，是谁替他开门的呢？这里面一定有共犯！”与此同时在客轮工作区里，旗本武正躲在一个角落里喘着粗气
在餐厅里，毛利小五郎回忆了一下旗本龙男被杀的现场“让我好好想想，龙男被杀的时候你们三位都是独自一人在房间里面休息，唯一在一起的就是你们夫妻两个。”
旗本北朗说道“我因为睡不着，所以到外面散步去了。”
“那么这件命案跟刚才的命案一样，除了跟小羽毛和小兰在一起的夏江之外，大家都没有不在场证明。”
旗本秋江说道“你在开什么玩笑啊？我怎么会杀死我自己的丈夫呢？你这什么侦探，居然怀疑到我头上。”
旗本麻理子说道“哼，龙男去世最高兴的人恐怕就是你吧。”
“你……”
“你不要以为我们不知道，其实你在外头早就已经有了男人了，对不对！”
“我知道你为什么要这么做，你这样是为了转移大家的注意力是不是？麻理子姑妈最有动机杀叔叔，她是最在意遗产的人了！”
旗本夏江开始劝架“求求你们不要再吵了……”
而在另一边，旗本一朗翻开了手上的画册，身后传来了毛利兰的声音“你在画谁啊？这个人看起来好像是夏江小姐。”旗本一朗连忙藏起画册。
旗本秋江看了一眼旗本一朗“就连姑妈的儿子也有杀死爷爷的动机呢，不是吗？”
“参加绘画比赛得奖的作品却被爷爷给撕毁了，试问谁不恨呀。”
“这全怪爷爷不好，他根本就不欣赏这孩子的才能啊。”
“你每一次都欺负龙男，所以我知道一定是你这个阴阳怪气的家伙。”
旗本一朗狡辩“我，我没有杀他，不是我呀。”
“还有爷爷一死，北朗叔叔就获得解脱了，不是吗？北朗叔叔。”
“胡说，一朗你去哪里啊？”
“我去厕所。”
“你一个人没问题吗？”
“没有问题的的，我才不像父亲是个胆小鬼呢。”说完旗本一朗独自一人离开餐厅。
“铃木管家。”老管家看向苍天蓝羽“请问一下北朗先生跟豪藏老爷子之间到底发生过什么事？”
“北朗很早之前就想离开旗本家了，因为他觉得自己不是当大企业老板的料，可是老爷却反对他离开，其实就是老爷不反对他太太麻理子也不准他这么做，知道了吧？”
一段时间过去了，旗本北朗起身看着毛利小五郎“毛利先生，我儿子去厕所已经去了二十分钟了都还没有回来。”
旗本麻理子惊恐了起来“难，难道小武他……”
与此同时在厕所里，旗本一朗正在洗手，可突然整艘船灯光熄灭，餐厅里的人陷入恐慌。
“镇定下来，不要乱动，安静一点。”
“怎么一朗到现在都还没有回来呀？”
“一朗。”毛利小五郎牵住旗本麻理子“太太，请你不要跑出去呀，小兰小羽毛柯南你们在哪？
“我们在这里。”
毛利小五郎拿出打火机“我去看电源怎么样了，你们到厕所那边去看一看。”
苍天蓝羽从背着的挎包里拿出手电筒“我和柯南去厕所那边看看，小兰姐你就待在这里吧。”
“嗯，你们注意安全。”
苍天蓝羽和柯南打着手电筒朝着厕所走去，突然他们听见了旗本一朗的惨叫声“不好！”与此同时灯光亮了起来，旗本家其他人围在厕所门口。
跑到门口后看见旗本一朗捂着受伤的大腿躺在地上“我的腿。”
旗本麻理子跑了进来“振作一点啊一朗。”
“看样子伤势并不是很严重，我现在帮你处理一下。”苍天蓝羽拿从挎包里拿出特制的剪刀剪开伤口周围的布料，拿出凡士林涂抹在伤口上进行消毒和止血，最后再绑上绷带。
“到底是谁干的，你说啊一朗。”
“我也不知道，刚才突然就停电，然后我就莫名其妙的被刺了一刀，好痛啊。”
苍天蓝羽拿出一瓶止痛药倒了一粒在手上“吞下去，能止痛的。”
“谢谢。”旗本麻理子拿过苍天蓝羽手上的止痛药后让旗本一朗吞了下去。
“那是……”旗本麻理子转过头看见旗本祥二手上拿着一把菜刀。
旗本祥二一脸惊恐的样子看着那把刀尖上沾着血的菜刀“这个是我的菜刀。”
“祥二，难道是你做的？”
“这怎么可能啊，刚才停电的时候我和你们都在餐厅里面，难道说你们忘记了吗？”
“对呀。”
“这个只有一种可能，那就是小武先生。”
毛利小五郎走了过来“还不一定呢，这里剩下的事交给夏江和小兰她们，其他人都跟我到电源室去好了。”
其他人跟着毛利小五郎来的电源室“电源室有什么东西？”
“过去看看再说嘛，就在那里。”
“这个是？”
“这是一种简单的定时装置，谁都会做的，简单。”
“先将断电器固定好，再绑上重物拉着，然后呢便在绳子的中间用蜡烛烧，等重物落下，断电器就会自动关闭电源。”
毛利小五郎拿起蜡烛“从蜡烛燃烧的情况来看，这玩意儿已经装在这里很久了 你们每一个人都有关掉电源的嫌疑。总之呢， 我会负责把小武先生给找出来，在那之前呢我希望大家都不要走出餐厅一步。”
白天，毛利四人在船上四处搜寻旗本武的踪迹，可是找了好几个小时都没有找到旗本武的踪迹，毛利小五郎背靠在墙上“真是的，到处都找不到。”
毛利兰说道“我想他一定不在船上了。”
苍天蓝羽摇了摇头“船上的救生艇一艘都没少，而且现在我们还在大海上，距离东京还有很远的距离，就算他下了海，也不可能在迷失方向的情况下在我们前面抵达东京。”
柯南说道“其实，我们还有其他地方没有去找呢。”
“哦？”
“就是旗本家每一个人的房间里面啊。”
四人组开始搜查旗本家每个人都房间，先是搜查旗本北朗一家的房间，搜查完后毛利小五郎说道“不在北朗夫妇的房间里面。”
苍天蓝羽拿起了一旁的全家福“这对夫妇的个性还真是南辕北辙，话说铃木管家，这对夫妻的感情好不好啊？”
“他们两个人原本就是表兄妹，小时候感情很好的，后来呢就结婚了。”
四人得知了真相感到大吃一惊，毛利小五郎说道“他们是近亲结婚啊。”
“是啊，所以当时老爷非常的反对的。”
四人搜查了旗本祥二的房间，毛利小五郎看了看床底后起身“好像不在祥二先生的房间里面。”
苍天蓝羽拿起一个手提箱“这个箱子看样子应该是放菜刀的箱子。”
“什么？”毛利小五郎拿过苍天蓝羽手上的手提箱，并打开了手提箱“少了两只，你看看。”
“一支在一朗被刺的时候找到了，但另外一支却不见了。”
毛利兰推开房门跑进了另外一个房间“这里应该是一朗的房间吧，你们看，这里还放着画呢。”
毛利小五郎走了进来“所以我们要特别小心点，拿着凶器的小武先生或许会躲在哪里呢？”
“叔叔不用担心，我们四个人而且我还带了枪的。”
毛利兰翻看旗本一朗画的画“哇，画得真的很不错耶，也许会画到凶案发生的状况也说不定。”
兄弟二人假笑了一下：怎么可能，除非旗本一朗能预知未来。
这时两人发现画上画着的是旗本夏江，毛利小五郎转头看向毛利兰“你们看看可以，可不要随便乱摸。”
柯南拿去画架上的笔“这个是什么啊？”
苍天蓝羽接过柯南手上的笔拿在手中“是铅笔，专门用来画素描的。”
柯南拿起另一个东西“这是什么？”
“是橡皮擦，不过……”苍天蓝羽拿过柯南手上的东西“这个橡皮擦怎么感觉怪怪的。”
毛利小五郎站在门口“你们在搞什么鬼呀，还不快走。”
“好。”
接连搜查完几个房间后毛利小五郎说道“不在我们的房间，也不在夏江的房间”，如今呢只剩下秋江的房间了，果然他已经不在这条船上了。”
苍天蓝羽和柯南拉开了衣柜门后被吓了一跳，连忙重新把门关上，毛利小五郎注意到被吓了一跳的柯南和苍天蓝羽“你们发现什么了？”
苍天蓝羽背靠在衣柜门上摇头“没有，什么都没有。”
“你没事吧羽毛？你好像在流汗。”
“没事，我真的没事，估计是一晚上没睡觉出现幻觉了吧。”
“那好吧，那就先这样吧，只好先回餐厅去吧，羽毛，等下我顺便给你叫一杯热牛奶，你就将就趴在桌子上眯一下吧。”
“谢了叔叔。”
在回餐厅的路上苍天蓝羽叫住老管家“铃木管家。”
“嗯？”
“是不是有……这样的事情啊？”苍天蓝羽在老管家耳边窃窃私语。
老管家露出惊恐的表情“你怎么会知道这种事啊？这种事只有当事人跟我知道而已呀。”
通过铃木管家的表情兄弟二人已经确定事情就跟他们所想的一样，从旗本豪藏被杀的时候地上掉落的面包屑，还有找不到的凶器，以及旗本龙男被杀的时候听见的水声以及笨重的声音，仓库门被人打开，再加上在黑暗里刺杀旗本一朗的这件事，二人已经确定了真正的真凶是谁了。
苍天蓝羽看向柯南“你还有几只麻醉飞镖？”
柯南检查了一下“不好，我忘带了。”
“你真的，我服你了。”
“怎么办？”
“我来吧。”苍天蓝羽从包里拿出一把大锤。
“你这是物理麻醉吗？”
“拿错了。”苍天蓝羽连忙把大锤塞回去，拿出了几只飞箭“这个才是，我找阿笠博士给我准备的麻醉飞箭，不过这玩意儿药效有点大。”
“有多大？”
“大象来了都扛不住。”
“你这是想要叔叔彻底睡死过去吗”
“没事，我早就料到了所以……”苍天蓝羽掏出一个锤子。
“锤子。”
“不，这不是一把普通的锤子，而是我找阿笠博士研制的安眠锤。”
柯南看了一下锤子又看了一下苍天蓝羽“你确定这不是一把普通的锤子？”
“好吧，这只不过是一把普通的锤子而已，我们现在只有物理麻醉这一个选项，不过我会注意力度的。”
“要不你还是用手刀把叔叔打晕吧。”
“也行。”
柯南把毛利小五郎叫进房间，在毛利小五郎走进房间后柯南吸引毛利小五郎的注意，而苍天蓝羽在毛利小五郎背后直接一击手刀打晕过去，柯南看见苍天蓝羽成功后跑出房间到毛利兰面前。
“柯南，爸爸和小羽毛呢？”
“哦，叔叔说他有重要的事情需要和阿羽哥一起宣布，请所有人十分钟后到秋江小姐的房间来。”
“重要的事情？”
“嗯，拜托你们了。”柯南转身跑进房间，同时苍天蓝羽已经布置好了房间，而柯南也准备好了变声器。
十分钟后，旗本夏秋江房间里“抓到凶手了？”
“嗯，在这条船上发下三起凶杀案的人。”
“到底是谁呢？请你们快说。”
“一定就是小武。”
“对，一定就是他。”
“大家先不要急嘛，在我和小羽毛说出凶手的名字之前请大家先回忆一件事情。”
靠在墙上的苍天蓝羽说道“首先是从里面反锁的房间，也就是豪藏老爷子遇害的房间，在大门的地板上沾满了血迹，因此豪藏老爷子是在房间外被刺中，然后逃入房内将门关上，就这样死在房间里，而且所有人都看见了掉落在房间外面的花。”
旗本秋江说道“对呀，说的没错，那个花是小武身上的，所以凶手当然就是他了。”
柯南说道“但是这就奇怪了，如果豪藏先生是在外面被杀，走廊上却没有发现任何血迹。”
旗本祥二说道“那是因为凶手为了拖延尸体被发现的时间而将地上擦干净了。”
“我所谓的奇怪就在这里，凶手会擦血迹却不会将掉落在地上的花捡起来，如果凶手下手后匆忙逃走而没有看见花掉落那是可以被理解的。”
“但是犯人却好像是小心翼翼的擦好地才走，花不管是行凶的时候掉落，或者是擦地板的时候掉落，他都应该会看见，所以我认为犯人是故意将花掉落在地上，想栽赃给小武先生。”
苍天蓝羽说道“接下来就是在甲班上杀旗本龙男的时间，这件事跟刚才栽赃花的案件，以及用刹车器关灯制造伪证这件事情是不相关的，如果凶手是同一个人的话第二件事可以说是突发状况，是凶手原本没有预料到的。但是，为什么龙男会被杀呢？”苍天蓝羽拿出手提箱“而关键就在这个手提箱里。”
旗本祥二认出了手提箱“那个，那个是我的菜刀箱子啊。”
苍天蓝羽把手提箱摆在桌子上“大家请看，少了两把，一把在第三现场找到了，但是另外一把不知所踪，这里便是关键。我和柯南听到两个声音，笨重的声音是龙男被凶手打的声音，那么之前的水声是什么呢？”
“答案是，水声就是另外一把菜刀掉进水里的声音，凶手丢掉凶器的时候不巧被旗本龙男看见了，于是他只好杀人灭口。”
旗本麻理子说道“但是第二起凶杀案发生的时候为什么小武也从仓库中消失了呢？”
“对对对说的没错，所以最可疑的还是小武。”
柯南说道“大家不要忘了，那仓库门上的锁是从外面锁上的，只能从外面才能打开。”
“那到底是谁开的门？”
“究竟是谁开的门啊？”
“是凶手开的。”
“啊？”
苍天蓝羽说道“因为杀死旗本龙男是件意外，也就是在旗本武被关的时候发生的，但是好不容易将旗本武变成嫌犯，这样不就证明不是他干的了吗，所以凶手只好将旗本武放了，因此凶手就是开门的人。这样他才能将旗本龙男的事也嫁祸给旗本武。”
“那为什么小武他要逃跑呢？”
“就是啊，他到现在都下落不明。”
柯南说道“我们就请他本人出来说明一下好了，小武先生，好了不要躲了，出来说明一下吧。”
“小武？他这里吗？”
苍天蓝羽说道“旗本武，你最好给我出来，否则别逼我直接把你拎出来。”衣柜门打开，旗本武从衣柜里走出来。
“小，小武。”
柯南说道“请你为大家说明一下你是怎么从仓库失踪的。”
“我因为很想向夏江说几句话，突然很不想被关在仓库里，就拼命想破门而出，没想到去发现门没有上锁，就这样冲出来了。但是走到甲班的时候……”
“所以我想这下我更难逃脱罪名了，只好逃回船内，正好看见这个房间门是开着的，就躲进了秋江的房间，一直藏在衣柜里面。”
旗本祥二说道“那么，到底刺杀一朗真正的凶手又是谁呢？”
“到底是什么人啊？为什么他要连一朗都要刺杀呢？”
柯南说道“其实那正是凶手所犯下的最大错误。”
“错误？”
苍天蓝羽点了点头“因为仓库门被人打开了，原本是想让事情都由旗本武来承担，但是如今门被打开，表示旗本武有一个共犯，这么一来，原本以为安全的真凶开始担心自己也会被怀疑。于是，慌慌张张的真凶想出了一个让自己脱离嫌疑的方法，而这个方法就是在黑暗之中刺杀旗本一朗。”
“这件事情无疑是真凶在自掘坟墓，在黑暗中旗本一朗看不见凶手的脸，同样凶手也看不见旗本一朗的脸，可凶手为什么能非常准确的知道旗本一朗的位置，并且给他一刀，就是这么回事。”
“而且凶器掉落的位置跟前面两件都不一样，凶手并没有把凶器给带走，这是为什么呢？那是因为腿部受伤无法毁迹的关系，你们懂了吗？”所有人大吃一惊
“难道是？”
柯南和苍天蓝羽异口同声“没错，刺杀旗本一朗的人就是他本人！”
二人异口同声“杀害豪藏先生，杀死龙男先生其实都是一朗先生。怎么，你还有话要说吗？”
“一，一朗。”
柯南说道“故意制造一片漆黑，好让自己说不出谁是凶手，因为如果说是被小武刺伤，万一以后小武被证明他无罪的时候那你自己反而有麻烦。”
旗本麻理子大叫“你们胡说！你们告诉我，你们有什么证据可以证明他是凶手。”
“当然有，羽毛。”
苍天蓝羽从口袋里拿出用证物袋包裹的面包屑“这是在豪藏老爷子被杀现场的尸体旁边的血迹里的发现面包屑。”
“面包屑？”
柯南说道“一浪是美术大学的学生，而且豪藏被杀以前他一直都在画画，画素描的时候经常使用面包屑当成橡皮擦，因此很容易沾到身上到处都是，而这些面包屑正是一朗杀害豪藏的时候掉落的，这些都粘在豪藏的血上，而且这些面包屑都沾有炭粉，所以一定是一朗掉落的没错。”
“但是他有什么动机要杀死爸爸呢？”
“这件事我也是到最后才了解的，那是我到一朗的房间检查的时候无意之间发现了一件东西。”
“一件东西？”
“羽毛，拿出来吧。”
苍天蓝羽拿出画册“这个便是旗本一朗杀害豪藏老爷子的动机所在。”
“你们说画里有动机？”
“问题就在画的内容。”
旗本秋江拿过画“内容啊。”
“不要啊，不要啊！”
“我，我知道了，这些画，画得都是夏江。”
“住手！”旗本一朗起身夺走画册抱在怀里哭泣。
“什么！一朗，一朗你……”
苍天蓝羽说道“你们想的没错，旗本一朗非常喜欢夏江小姐。”
“一，一朗，你。”
柯南说道“我听管家先生说，一朗曾经向豪藏先生表明过对夏江小姐的爱意。”
旗本一朗说出真相“是的，你说的没错，我希望跟夏江小姐结婚的。”
“啊！”
“但是爷爷却断然拒绝我，爷爷说才不会让心爱的夏江嫁给我这种小鬼，说我没出息，而且不久之后马上就宣布了夏江的婚事了。”
“昨天我在甲班上画夏江，爷爷有对我说：那种不可能办到的事情干脆放弃算了，不要再做那些不可能实现的梦了。”
“我绝对不原谅爷爷，他竟然不准我跟夏江结婚，还有抢走夏江的小武也不可原谅。不可原谅，不可原谅，爷爷我恨你！”
旗本一朗抱着画册跪在地上痛哭，同时旗本豪藏从苍天蓝羽身后出现站在身边，没过一会儿旗本龙男从背后出现站在苍天蓝羽的另一边，一起看着抱着画册痛哭的旗本一朗。
黄昏，旗本夏江和旗本武趴在围栏上看着大海，旗本夏江看向旗本武“小武，你愿不愿意告诉我，你跟我们旗本家族之间到底有什么？”
“没错，我的确是当年被旗本集团抢走生意，自杀身亡的财城勇夫的儿子，当初也是为了报复才接近你爷爷。但是，我，我”没有想到遇见你之后……
内向的青年纵有满腔的热情却无从诉说，终究造成无可挽回的悲剧，船不久将驶入东京，旗本一朗和旗本家族的悲伤和失望全部都溶在火热的夕阳里。