这一次，三法司爆发出来的审讯效率，可以说是前所未有的，即便是三法司的要员也缺少了好几位。
刑部、大理寺再加上督察院，如今大理寺少了一位正卿，刑部少了一位侍郎，两名郎中，督察院少了一位副都御史，七位监察御史，两位给事中，多数职位空缺，即便是如此，依旧是审讯神速，四十七人得到了应有的惩处，其中三人被判斩立决，七人斩监侯，十五人革职流放，其余人等被降职留用或者降职贬出京城任职。
经过这一番折腾，一下子朝中十部空缺出来了大量的职位，如果不能快速填充各个职位的空缺，很显然，将严重影响朝廷的运转，而且宋应星、毕懋康年事已高，屡次请求辞去官职，告老还乡，那空缺的职位就更高了。
朱杰不得不下旨，提前将李岩等人召回京城，重新部署朝廷布局。
首先，重新组建内阁——孙传庭为首辅，李岩、徐一帆、史可法、黄宗羲进入内阁，处置朝堂日常事务；紧接着委任十三部尚书。
李岩出任吏部尚书，掌管朝廷官员考核、升迁、奖惩；
徐一帆出任兵部尚书，统领朝廷所有兵力，查栓出任兵部左侍郎兼任水师总督，掌管大明帝国舰队；
史可法出任刑部尚书，掌管全国刑狱诉讼；杨廷枢为督察院左都御史，掌管官员监察以及刑狱案件复核；
黄宗羲为顺天府尹兼任户部尚书，掌管大明国库财政，同时将兴业银行总部移驻京城，黄宗会为兴业银行督办兼任户部左侍郎；
茅元仪任工部尚书，掌管全国工程、水利修建以及兵器制造，将京城与南京火器局、兵仗局合并，筹建大明兵工厂，毕登辅以工部侍郎兼任；
高杰依旧担任情报部尚书，掌管大明内外情报收集整理事务；
高弘图担任礼部尚书兼理各国蕃务；
方以智调任教务部尚书，铜官大明教育与科考事务；
朱舜水调任商务部尚书负责大明工商以及贸易事务；
侯方域出任税务部尚书，负责全国税收以及海关税收事务；
除了这些，袁继咸代替原来的李岩，就任南直隶总督，统摄南直隶政务，顾炎武升任浙江巡抚。
同时为了能够循环利用，毕懋康与宋应星虽然从尚书的位子上退了下来，两个人在京城受命筹建顺天书院，与应天书院，一南一北，开始大力兴办教学，特别是自然科学，这可是朱杰一向都万分重视的，现在关内局势稳定下来，自然要发力了。
当然这些变化，还只能算是朝廷人员的一般调动，但是，朱杰要做的可是不止这些。
内阁的成员刚刚到齐，朱杰又拿出了一项巨大的变动，改革科举！
从明年起，朝廷废除八股取士，科举考试的范围不在局限于四书，而是将诸子百家尽皆纳入，体裁也不在局限于八股形式，倡导自由发挥，更是取消了字数限制，同时将参加科举的士子从儒生扩大为文科、工科、农科、商科、算科，只要是人才，都可以参与科举，朝廷量才录用。
主意刚刚提出来，内阁的几个人就都蒙圈了，没有想到，刚刚安生一个月的时间，皇上就又出幺蛾子了啊……
这一次，连徐一帆都有些无奈了，改革科举，他倒是没有什么具体的意见，不过，也需要徐徐推进啊，一上来就大刀阔斧的推进，这是很容易失败的，当年的王安石变法，就是因为太过激进，导致变法失败的。
孙传庭苦笑道：“皇上，科举制可是实行了上千年了，如此革新，亘古未见，利弊如何，可是难以预见啊，现在朝廷刚刚安顿下来，实在是不已大动干戈啊……”
“不宜大动干戈？”
朱杰笑道：“白谷，朕只问你，以工部为例，工部的这些官员，大多都是科举上来的，试问有几个人懂得水利？有几个人懂得火器，有几个人懂得农时？如果工部的人连最近本的他们的职责都搞不懂，甚至基本的能力都没有，朕怎么相信他们能够管好工部？一个毕懋康，一个茅元仪，这已经是大明朝说过仅存的几位精通恪物之学的官员了，后面呢，等到他们仙逝的时候，还有没有人跟进上来？不光是工部，还是钦天监，还有户部、税部，又有多少人精通算学？你们以为真筹建应天学院，现在有筹办顺天学院，到底为的是哪一般？为国选材，就是要不拘一格才行，原来祖宗留下的八股取士，太束缚人的思想了，我只问你，你在考进士是的文章，与你平日里的文章，孰优孰劣，你会没有数？”
“可是，皇上，自从董仲舒独尊儒术，罢黜百家以来，儒教作为显学，为治国之根本，是有目共睹的，如果我们放弃了儒教，那岂不是自废武功？偌大的国家可是如何治理？即便是您说的恪物之学有着强大的功用，但是，如何能够治理天下？这些学说，也没有治理天下的依据吧？”
史可法急声道，这已经不是关系到文臣集团的兴衰了，而是关系到儒教的兴衰甚至是存亡啊！
“糊涂！”
朱杰喝道：“宪之，现在时代已经变了，世异则事异，事异则备变，依你所言，董仲舒之前呢？国家就不需要治理了？你们想一想，思想最活跃，学术最繁荣的时代是什么时候？春秋战国！百家争鸣，百花齐放！秦国使用法家学说，方才成为七雄之首，才有了秦王扫六合，虎视何雄哉！齐国用管仲，开商业，方才使得齐国富甲天下，除此之外，墨子的学说同样是宝贵的财富，至于黄老之学就更不用说了，经过秦末的楚汉之争，天下穷乏，没有黄老学说使得他们休养生息，哪里来的汉武帝开疆拓土？宪之，未来的时代，将是强权的时代，实力强大，方才能够在世界上争雄一方，如果我们再不革新，到时候，任人宰割的可就是我们了，你们以为西洋的那些海上强国会一直容忍我们这样一个大国平平安安的过日子？一旦我们落后，他们会毫不犹豫的打过来！荷兰人现在在南洋就有这上百艘的军舰呢！实力甚至在我们帝国水师之上！”