东王府的密室非常隐秘，只有杨秀清、陈承瑢两人知道。当初，土营数十人负责建筑这个密室。事成之后，杨秀清将那些土营将士全部处死，防止泄密。
正当杨秀清在密室中惴惴不安时，密室的门被打开了。许宗扬脸上露出狰狞的笑容，冲杨秀清喝道：“杨秀清，你也有今天，出来受死吧！”
杨秀清这才知道，是陈承瑢出卖了他。他坦然走出密室，看到门外的太平军将士，突然仆地，又要使出“天父下凡”的鬼把戏。
“天父下凡”有一个前提：杨秀清周围必须遍布亲信、侍卫，这样才能威慑其他人。如今，杨秀清孤身陷入敌军，谁还信他的鬼把戏？
许宗扬一剑刺中杨秀清的肩膀，骂道：“东贼，你死到临头，还要装神弄鬼！”
杨秀清被带到了韦昌辉面前。
这个一向在杨秀清面前卑躬屈膝、低声下气的韦昌辉，这个最被杨秀清看不起的韦昌辉，在杨秀清最想不到的时候，杀杨秀清一个措手不及。又以迅雷不及掩耳之势，杀得东殿毫无招架之力。
杨秀清忍住巨痛，对韦昌辉说道：“我要见天王，只有天王能够杀我。”
韦昌辉手提长剑，狞笑道：“我奉天王密诏，特来诛杀你这个乱臣贼子！”
说罢，韦昌辉瞄准杨秀清心脏，一剑刺了进去。
按照洪秀全的设想，诛杨行动只杀杨秀清、杨元清、杨润清、杨转清四人，不得株连太广。
但从9月3日凌晨起，韦昌辉的北殿、秦日纲的燕殿部队就杀红了眼。东王府、参护府内，尸横满地。东王府内文武官吏、男女老幼，参护府内的刀牌手们，死难的有数千人。
天亮后，洪秀全发布诏令，诛贬杨秀清为“东孽”，对外宣布他“窃据神器，妄称万岁，已遭天殛”。
按，这个诏书出自洪秀全本人，被传统史学界认作是杨秀清逼封万岁的关键证据。其实，传统史学界受历史价值观影响，难免要尊洪贬杨。洪秀全说杨秀清“妄称万岁”，多半是为了撇清自己在天京事变中的责任。
同理，石达开兵败被俘后，其口供有三个版本：《三略汇编》、《骆文忠公奏议》和《蜀燹述略》，《三略汇编》相对更加详细可信。据《三略汇编》，石达开口供中称“洪秀全本欲杀杨，口中不肯，且故意加杨秀清为万岁”。
这便是“洪秀全加封万岁说”的来源。但石达开远在湖北，显然不可能详知天京事变的内幕。石达开这样说，要么是撇清自己在天京事变中的责任，要么就是根据洪秀全的说辞。
可见，杨秀清谋反、逼封万岁之说并不成立。天京事变的导火索，正是陈承瑢诬告杨秀清谋反，其根源还在于太平天国的神权、政权冲突。
洪秀全下达诏书，声称既往不咎，只株首恶，进一步麻痹了残存的东殿党羽。他们逐渐停止抵抗，放下了武器。
实际上，杨秀清刻薄寡恩，部下离心离德。史载，天京事变第二天，东王府附近的军民纷纷闯入王府，抢夺府内的珠宝财物，根本没人关心东王是死是活。
同样的，残余的东殿刀牌手抵抗亦不激烈。除了韦昌辉兵马强大外，洪秀全的诏书亦有力地瓦解了他们的抵抗意志。
韦昌辉阴狠毒辣，对放下武器的东王府文武官吏、东殿刀牌手，全都杀杀杀，不留一个活口。
这时候，官兵都杀红了眼，早就把洪秀全“不得滥杀无辜”的禁令忘得一干二净。
洪秀全下达诏书后，东殿反抗寥寥，大多放下武器，放弃抵抗。只有东殿礼部一尚书、扶天侯傅学贤不甘引颈就戮，继续率领东殿残部，与韦昌辉展开巷战。
巷战竞日，傅学贤寡不敌众，兵败被杀。傅学贤一死，东王府残存的属吏、参护府刀牌手只得投降。韦昌辉大开杀戒，将已经投降的东殿残余全部诛杀。
杨秀清有亲族二十七人、东王娘娘五十四员。包括东王府中已有身孕的侍女，东王府大小属吏三千余名、参护府两千余名刀牌手，全部死于韦昌辉屠刀之下。
韦昌辉还不解恨。杨秀清柄权已久，天京卫戍部队大多是东殿部队，东王亲信遍布天京内外大小关隘。
杨秀清暴卒，局势陷入混乱，这些人群龙无首，未能组织起有效的反抗。万一让他们缓过神来，推举出个领袖出来，韦昌辉、秦日纲等人可就危险了。
这时候，天京城内外已有流言，说韦昌辉并非奉有洪秀全的密诏，而是矫诏擅自诛杨。又说洪秀全下诏诛贬杨秀清为“东孽”，也是出于韦昌辉的胁迫。
韦昌辉恼羞成怒，晋见洪秀全，要求诛杀杨秀清余党，以绝后患。
事情的发展已经大大超出洪秀全的预料，他原本只想杀杨秀清兄弟四人。可韦昌辉却说，不仅要杀尽天京城内外的东殿党羽，还要诛杀前线的东殿大将，如杨辅清等。
要杀前线大将，岂不是自毁长城？洪秀全不答应，韦昌辉却目露凶光，赖在天王府不走。洪秀全十分不快，他隐隐感觉到：韦昌辉就是另一个杨秀清，他才能不如杨，凶狠恶毒却远过之。
最后，陈承瑢出来和稀泥，劝说洪秀全诛杀天京卫戍部队中的东殿党羽，前线东殿大将暂不波及。陈承瑢足智多谋，献了一条毒计：
洪秀全公开颁布诏书，就说韦昌辉、秦日纲矫诏诛杨，滥杀无辜。天王下令对这两个乱臣贼子鞭刑五百，请东殿党羽前来观刑。
按，太平天国刑罚残酷，犯人绝对撑不过五百鞭刑。
洪秀全勉强同意，转身就下令亲信蒙得恩加强天王府防务，从此紧闭天王府。他自己躲在幕后，让韦昌辉等人在前面上蹿下跳。
在太平天国，承宣天王诏旨程序极为繁琐，需用女官宣诏、诏书专用黄绸、印玺、文书专用格式等，极难伪造。陈承瑢一向负责承宣天王诏旨，对其非常熟悉，东王党羽对此并无怀疑。
刑场就设在天王府旁两间大房子里，六千多名东殿将士前来观刑。他们不名就里，在门外被守卫解除了武器。韦昌辉、秦日纲两人被铁链捆住，被绑在行刑台上。
然而，等东殿将士来得差不多了，一队荷枪实弹的亲兵拥上行刑台，护卫韦昌辉、秦日纲从后门离开。
紧接着，各门紧闭，从墙外扔进无数炸弹。东殿将士完全想不到，堂堂天王竟会做出如此卑劣的行径。他们猝不及防，手无寸铁，只能扒房墙砖头抵抗。
这是一场惨绝人寰的屠杀。屠杀者使用枪、炮猛轰东殿将士，后来，他们干脆赤裸右臂，冲入了房内，把剩下的抵抗者统统杀死。
屠杀足足持续了六个小时。
紧接着，韦昌辉要求斩草除根，搜杀老弱妇孺。
傅善祥母子是东王余孽，也是韦昌辉重点捕杀对象。当北殿兵马扑入傅善祥寄身的女营时，傅善祥母子早已不见了踪影。