康熙帝经此一激，决意铲除鳌拜集团。但鳌拜党羽已经遍布朝廷内外，行动稍有不慎，必将打草惊蛇，酿成大变。
康熙决定不露声色，于是挑选一批身强力壮的亲贵子弟，在宫内整日练习布库为戏。鳌拜见了，以为是皇帝年少，沉迷嬉乐，不仅不以为意，心中反暗自高兴。不到一年，都学得拳术精通，武艺高强，连康熙帝也得了一点本领。于是康熙帝不动声色，先封鳌拜为一等公。
康熙八年（1669）五月，康熙先将鳌拜的亲信派往各地，离开京城，又以自己的亲信掌握了京师的卫戍权。然后他召鳌拜入宫觐见。鳌拜此前常常出入宫廷，不以为奇。这次一召，他就毫无提防地来了。
到了内廷，见康熙帝端坐在上面，两旁站立的，便是一班少年贵胄。鳌拜昂着头，走至康熙帝前。说道：“皇上召臣何事！”
康熙帝竖起龙目，怒向鳌拜道：“你知罪么？”
鳌拜毫不畏惧，直答道：“臣有何罪？”
康熙帝道：“你结党树私，妨功害能，罪不胜举，还说无罪！”
鳌拜听了此语，恼着性子，忍耐不住，仍旧发作攘臂故态。康熙帝索性激他一激，便道：“左右与我拿下！”
鳌拜厉声道：“哪个敢来拿我！”
言未毕，一群少年应声而出，拥住鳌拜，你一拳，我一脚，鳌拜不防这童子军，竟有如许能力，方想极力招架，谁知已被众少年掀翻，束手就擒。
接着，康熙帝命议政大臣等审讯鳌拜。大臣们审实后，宣布鳌拜30条罪状，应处以革职、立斩。据法国传教士白晋记载，当时鳌拜请求觐见康熙，让康熙看他为救康熙祖父皇太极而留下的伤疤。结果，累累伤痕和对上两代皇帝的功绩，终于使他保住了性命。康熙念及鳌拜资深年久，屡立战功，且无篡弑之迹，遂对他宽大处理，免死禁锢，其党羽或死或革。不久，鳌拜就在禁所死去。
仅存的另一辅政大臣遏必隆因为长期勾结鳌拜，被削去太师、一等公的爵位。康熙帝由此完全夺回朝廷大权，开始真正亲政的阶段。康熙帝铲除鳌拜之后，甄别官吏，为被鳌拜矫旨处死的苏克萨哈等昭雪，奖励百官上书言事，禁止圈地等弊政，实操朝政大权。
这时文武百官，方晓得康熙帝年少英明，不敢肆无忌惮。这事传到外省，别人倒还不甚介意，只有那两朝柱石功高望重的吴三桂，偏觉心中不安起来。此时还要从清朝入关开始说起，清廷入关之后，因为八旗兵力不足，为了对付农民起义军和南明朝廷的反抗，不得不依靠明朝的降官降将充当前驱，从事招抚及武力镇压。在明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂四人替清朝出力最大，所以均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要力量，在满清入关后为其效尽犬马之劳。经过二十年的斗争，坚决抗清的农民军失败了，南明的政权也垮台了。这时清廷把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要城池，而南方就暂让给吴三桂等去镇守。
吴三桂封平西王，镇守云南，兼辖贵州；尚可喜封平南王，镇守广东；耿仲明封靖南王，死后，其子耿继茂袭封，镇守福建。上述三方势力合称三藩。三藩之外，还有一个孔有德。但是孔有德在同李定国作战时失败自杀于桂林，其子也被李定国所杀，所以无人袭封，仅有一女孔四贞嫁给孙延龄，清廷即以孙延龄为将军代领其众，驻守桂林。三藩在所镇守的省份权力甚大，远超过当地地方官员，并可掌控当地军队、税赋等。
三藩各拥重兵，久据数省。平南、靖南二藩各有兵力十五佐领，绿营兵各六七千，丁口各两万；平西王所属兵力五十三佐领，绿营兵一万二千，丁口数万。吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下。清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。
康熙十二年（1673年）三月，广东镇守平南王尚可喜，因其子尚之信酗酒暴虐，不服父训，恐怕弄出大祸，遂用了食客金光之计，奏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。他的意思，无非望康熙召还，得以面陈一切，免致延累。适值康熙因鳌拜一事，痛恨权臣，见了此奏，即群臣议复。
经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，即议定藩王现存，儿子不得承袭，尚可喜既请归老，不如撤藩回籍等语。康熙帝遂照议下逾。
吴三桂在云南，日日探听朝廷消息，他的儿子吴应熊曾招为驸马，在京供职，所有国事，朝夕飞报。尚可喜还未接谕，吴三桂早已闻知，当下写了密函，寄到福建。此时靖南王耿继茂已死，由其子靖忠袭封，仍镇守福建。耿精忠得了三桂密书，就照书中行事。二人在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。
康熙帝召集廷臣会议，索尼之子大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。康熙帝道：“朕阅前史，藩镇久握重兵，总不免惹出祸端，朕意还是早撤。况吴三桂子应熊，耿精忠弟昭忠、聚忠等，都在京师供职，趁此撤藩，彼等投鼠忌器，尚不至有变动。”兵部尚书明珠，户部尚书米思翰，刑部尚书莫洛，听到此语，就随声附和，力请徙藩。
康熙帝遂准奏撤藩，差了学士博达礼往云南，户部尚书梁清标往广东，吏部左侍郎陈一炳往福建，经理各藩撤兵起行事宜。