却说爱新觉罗·玄烨即位，改元康熙，由四位辅政大臣，尽心佐理，首拟肃清宫禁，将内官十三衙门，尽行革去。
十三衙门，是清顺治十一年（1654年）由宦官吴良辅等建议，仿明朝体例二十四衙门而设立的。作为内廷机构，为皇帝及其家族服务，在宫廷内侍奉皇室及其家族，以宦官为主管。其下即：司礼监、御用监、御马监、内官监（宣徽院）、尚衣监、尚膳监、尚宝监（尚宝司）、司设监、尚方监（尚方院）、惜薪司、钟鼓司（礼仪监、礼仪院）、兵杖局、织染局（经局）。
清顺治十八年（1661年），吴良辅等伏诛，裁撤十三衙门，另由上三旗包衣组设内务府，改尚膳监为采捕衙门，改惜薪司为内工部，又改御用监为广储司，宣徽院为会稽司，礼仪院为掌仪司，尚方院为慎刑司，采捕衙门为都虞司，内工部为营造司，又自掌仪司分出庆丰司，总称司，宦官之权皆归内务府。
康熙元年（1662年），平西王吴三桂、定西将军爱星阿擒杀永历帝朱由榔。康熙特降殊旨，另吴三桂晋爵亲王，兼辖贵州，镇守如故，命爱星阿即日班师。李定国听闻朱由榔被吴三桂绞杀的消息，恸哭并命人为永历帝发丧，李定国披发徒跣，号诵抢地，两目皆血泪，后死于勐腊。临终前还嘱咐儿子及部下：“宁可死到荒郊野外，也不可投降。”
至此，清朝西陲无遗患，独东南尚有张煌言、郑成功。张煌言隐居南田岛，随从只有数人，明知大势已去，无能为力，只是忠心未泯，还与台湾常通音信，屡促成功进兵，不料郑成功突然病逝于台湾，致使抗清斗争形势更为严峻。
张煌言则转战于宁海临门村一带。这时，清廷浙江总督赵廷臣趁张煌言义军处境艰难之际，写信招降，张煌言不为所动，并回信拒绝。十一月，鲁王朱以海薨于金门。于是，张煌言只得转战于宁海县临门村一带，还师临门，更使张煌言感慨万千。
清廷浙江总督赵廷臣再次写信招降，张煌言扔不为所动，义军此时虽多次奋战，然孤悬海上，被迫孤军作战，日渐势单力薄。为此有人提议将义军队伍拉上鸡笼岛驻扎，张煌言认为此议不可行，鸡笼小岛，四面环海，易攻难守，若遭致清军突袭有全军覆没的危险。
康熙三年（1664年）六月，张煌言见复明无望，在南田的悬嶴岛解散义军，隐居海岛不出。七月十七日，清军通过叛徒找到张煌言隐居地，夜半渡岛，张煌言同部属罗子木侍僮杨冠玉等人被执，九月七日，张煌言被清军杀害于杭州弼教坊。当他赴刑场时，大义凛然，面无惧色，抬头举目望见吴山，叹息说：“大好江山，可惜沦于腥膻！”临刑时，他拒绝跪而受戮，“坐而受刃”，时年仅四十五岁。监斩官见杨冠玉年幼，有心为他开脱。杨冠玉却断然拒绝道：“张公为国，死于忠；我愿为张公，死于义。要杀便杀，不必多言。”言罢跪在张煌言面前引颈受刑。
这时候，镇守闽地的耿继茂，复与闽督李率泰，水师提督施琅，借了荷兰国夹板船数艘，攻克金、厦二岛，复名思明州为厦门。郑军退保台湾，由成功子经据守台地，仍奉永历正朔，效节海外。
八龄天子，坐享承平，修文偃武，只洪承畴、范文程等一班勋臣，先后于康熙四年（1665年）、康熙五年（1666年）逝世，朝纲国计，统归辅政四大臣管理。
四大臣中，索尼是四朝元老，资格最优，人品亦颇公正。遏必隆、苏克萨哈勋望较卑，凡事俱听索尼主裁。独这鳌拜随征四方，自恃功高，横行无忌，连索尼都不在眼中，他想把索尼诸人，一一除掉，趁着皇帝冲幼，独揽大权，因此暗中设法，先从苏克萨哈下手。
鳌拜与苏克萨哈的对垒，问题集中在镶黄旗与正白旗圈换土地上。苏克萨哈是正白旗人，鳌拜乃镶黄旗人，顺治初年，睿亲王多尔衮曾把镶黄旗应得之地，给与正白旗，别给镶黄旗右翼地，旗民安居乐业，已二十多年。
然康熙五年正月，鳌拜执意更换旗地，在社会上激起了轩然大波。苏克萨哈力阻，大学士、户部尚书苏纳海，直隶、山东、河南三省总督朱昌祚，巡抚王登联皆言不可为。鳌拜恼羞成怒，利用职权将苏纳海、朱昌祚、王登联下狱议罪。玄烨特召辅臣询问。鳌拜请将苏纳海等置重典，索尼、遏必隆不能争，独苏克萨哈缄默不语。康熙帝犹在迟疑，鳌拜即向御座前，检出片纸，提起御用的朱笔，写着：“苏纳海、朱昌祚、王登联，不遵上命，着即处斩”十七个大字，匆匆径出。索尼等亦随了出来。鳌拜就将矫旨付与刑部，刑部安敢怠慢，即提到苏纳海、朱昌祚、王登联三人，绑出市曹，一概枭首。
鳌拜也时常讲述苏克萨哈坏话，在资格最老的大臣索尼旁挑拨离间，因此很多人不想相信大臣苏克萨哈，因此鳌拜也日益骄恣，渐渐日增排挤苏克萨哈。
康熙六年（1667）六月，索尼病死。索尼虽然在生前未能遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个动作却造成解决鳌拜问题的良好转机。这年，康熙帝玄烨已年满14岁。索尼上书请小皇帝遵循先帝顺治14岁亲政的先例，开始亲政。
七月，康熙亲政，加恩辅臣，仍命佐理政务。皇帝已经亲政，却又无法应对鳌拜的威胁，苏克萨哈便上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝。
这个举动别有意味，那就是既然苏克萨哈已经卸任（此时他已经排名第一），那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。于是鳌拜给苏克萨哈罗织了心怀奸诈、久蓄异志、欺藐幼主、不愿归政等24款罪名，提出应处凌迟、族诛之刑。并拟将苏克萨哈与长子查克旦磔死，余下子孙处斩，籍没家产。
康熙帝玄烨洞见鳌拜等素怨苏克萨哈，积以成仇，而不准奏。鳌拜攘臂上前，强奏累日，再次矫旨，剪除苏克萨哈，为他全面擅权扫清道路。
至此，索尼已故，苏克萨哈被杀，四大辅臣只剩下一个无足轻重的遏必隆，鳌拜更加肆无忌惮，为所欲为。虽然康熙已经亲政，但鳌拜并不想归政于他。