贵县木梓墟本是一处不大的商镇，位于武思江下游，广西浔州府、广东廉州府交界处。两省交界的地方，官府统治往往比较薄弱。黑旗军选择在木梓墟驻营休整，起先并未引起官府的注意。
和广西其他商镇一样，木梓墟的商业多由来人垄断。去年贵县大墟地区发生来土大械斗，木梓墟虽然远离大墟，当地来人也都人心惶惶。
冯可钦率领黑旗军来到木梓墟，对外宣称是械斗中战败的来人，受到当地来人欢迎。官府正忙着镇压太平军，只派了少量团练前往木梓墟，监视冯可钦部黑旗军。
冯可钦麾下有一千八百多名黑旗军、四千多名来人新兵，得以从容不迫地训练新兵、编练部队。
杨烜、罗大纲、石达开三部人马携手抵达木梓墟，与冯可钦会回。此时的黑旗军人马已经接近一万五千人，杨烜立马开始大刀阔斧地整编部队。
其要点有：
一、扩大编制。
黑旗军由陆师、水师组成，均为师级单位。
陆师人马有一万一千人，编为步兵一团、步兵二团、步兵三团、步兵四团，另设炮兵营、骑兵营、侦察营、工兵营、辎重营、警卫连、通信连等直属部队。
陆师、水师首长称司令，冯可钦为司令，陈虹为参谋长。陈虹原为黑旗军二营长，在三个营长中能力最强，战功最大。
步兵团是陆师的主力部队，可以单独执行任务。步兵一团团长为杨田，二团团长为杨国瑞，三团团长为张运贤，四团团长为石达开。
大致上，一、二、三团由原先的步兵一营、二营、三营扩编而成。二营长陈虹升任陆师参谋长，二团团长改由侦察科长毛人杰担任。四团则为新成立的部队，由石达开担任团长。
水师以罗大纲为司令，陆雨晨为参谋长。
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水师下设三个支队：一支队主水战，支队长为张墨；二支队主登陆作战，支队长为陆顺德；三支队主水上运输，支队长为黄涛。
二支队原支队长苏三娘改为负责管理黑旗军家眷，支队长之职由陆顺德继任。陆顺德追随罗大纲多年，是罗大纲的心腹爱将。
二、完善指挥系统。
司令部制度是黑旗军的独创，也是黑旗军战斗力提升的重要保证。
华夏传统，部队通常设置营务处、粮台。黑旗军司令部的参谋处、后勤处便类似于营务处、粮台，相当于参谋机关、后勤机关，一个负责指挥打仗，一个负责后勤补给。
为保证军队领导权的集中统一，杨烜在参谋机关、后勤机关之外，增设一个军政机关，称之为军政处。军政处主要担负宣传、教育、监察、人事、奖惩、防奸、保密等职能。
黑旗军在师、团两级设立司令部，下辖参谋处、军政处、后勤处三大机关。陆师、水师以上，设立总司令部，下设参谋部、军政部、后勤部三大机关。
总司令部是黑旗军的最高领导机关，首长称总司令。毋庸置疑，杨烜为总司令，薛昊仍为副总司令。陆师司令冯可钦兼任参谋部部长，杨烜兼任军政部部长，薛昊兼任后勤部部长。
参谋部堪称是总司令部的核心部门，下设作战处、侦察处、测绘处、火力处、通信处、机要处等下属部门。
军政部排序在参谋部之后，下设人事处、敌工处、纪检处、保卫处等部门。敌工处顾名思义，主管对敌工作，包括处置俘虏、策反敌人、情报获取等。
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军政部敌工处与参谋部侦察处工作职能上存在重叠，这也是杨烜有意为之。搞情报工作，权力容易失控，进而反噬母体，故而需要分权。
另外，情报工作极其重要，惹有疏忽，关乎战局成败。同时设置侦察处、敌工处，可以形成某种程度的竞争、查漏补缺，完善情报工作。
大体上，参谋部侦察处主要侧重于军事侦察，尤其重视交战前线的侦察。军政部敌工处主要负责策反敌人、处置战俘、防范间谍、肃清内奸等工作。
就职权上讲，敌工处的权力明显大于侦察处。
后勤处除了负责保障军饷、粮草、弹药，还要负责打造军械、铸造火炮、制作火药、修理战船等工作。相比参谋处、军政处，后勤处的人员更为庞杂，工作更为具体。
除了参谋、军政、后勤三大机关，总司令部还下设很多直属单位，比较重要的有办公厅、近卫营、军法处、宪兵队、讲武堂、教导队等。
办公厅是总司令部的协调机关，对总司令负责。但凡召集开会、确定总司令行程等工作，多由办公厅承办。
近卫营编制五百人，负责保卫总司令部，位置极为紧要，首任营长为杨烜亲信徐作新。
军法处负责制订军事条例、审判重大军事案件等工作。
宪兵队负责维持军纪，执行军法处的裁决。
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讲武堂负责研究军事理论，培训正营级以上军官，相当于黑旗军的军校，侧重于战略教学。杨烜亲自负责讲武堂的工作。
教导队专门负责轮训副营级以下军官，侧重于战术教学。
师、团一级司令部，参照总司令部设置，但机构、人员更为精简。
三、实行官兵平等。
官兵平等包括政治上、经济上的平等，军官爱护士兵、士兵尊重军官，团结互助，同甘共苦，增强军队凝聚力。
鉴于黑旗军队伍壮大，饷银耗费大，杨烜决定进一步压缩津贴。普通士兵津贴不变，仍为每月一两银子。班长以上骨干，津贴在原有基础上减少。杨烜为总司令，饷银最高，为二两银子。
这样一来，从士兵到最高统帅，津贴变化不大，官兵在经济上趋于平等。士兵津贴一两银子，与最普通的绿营兵相当。
但黑旗军的伙食、衣服等费用都由公费开支，官兵家眷也都由后勤部统一供养。官兵的津贴成了纯收入，实际收入比绿营士兵略高一些。
除了津贴，黑旗军军官在衣、食、住、行上都与士兵保持一致。士兵吃什么，军官就吃什么。行军宿营，军官与士兵一样挤在大通铺里。所有人不得乘轿，不得吸食鸦片。
黑旗军官兵在政治上也是平等的。军官不得打骂体罚士兵，上级军官对下级军官亦不能打骂体罚。官兵犯有错误，主要通过两种途径制裁：
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情节严重的，军法论处。犯多大的错，治多大的罪，由军法处独立裁判；情节较轻的，批评教育。上级不能徇私包庇下级，下级亦不及诬告上级，凡事以军法为准绳。
士兵有功，可以提拔为士官，士官可以逐级晋升为士官长。士官长辅助连长、营长管理部队，在基层部队有着不容忽视的影响力。
特别优秀的士兵，可以破格提拔为军官。譬如李秀成的侄子李世贤，才加入黑旗军不久，却因表现优异，被提拔为排长。
士兵提升为军官，通常离开原来的连队，到其他营连任职。李世贤原是近卫连的战士，超拔为排长后，到步兵一团任职。
四、发扬军事民主。
华夏传统军队，通常由主帅独断专行。这可以提高工作效率，却不利于集思广益。主帅一旦犯错，轻则损兵折将，重则危及战局。此外，主帅专断，容易把持兵权，尾大不掉。
清朝为了把控兵权，通常由中枢简派钦差大臣，从各省抽调军队，交由钦差大臣临时指挥。皇帝通过军机处，遥控战局。
这种指挥体制已经完全落伍，早在第一次鸦片战争中便暴露出无数弊端。太平军兴，清廷不思进取，仍然沿用这种落后的指挥体制。
杨烜创造了司令部制度，完善了指挥体制。在部队层面，则充分发扬军事民主，提高部队凝聚力。
营、连一级成立军人委员会，通常由副营长、副连长担任委员会主任，士官长担任副主任。军人委员会定期召开会议，就部队管理、伙食、战术等问题展开讨论。讨论结果不具有执行力，供营长、连长参考。
总司令部，师、团司令部成立执行委员会，简称执委会，由总司令、师司令、陆师团长、水师支队长担任执行委员会主任。副司令、副团长、副支队长为执行委员会副主任，参谋机关、军政机关、后勤机关负责人为委员。
如果说司令部是部队的领导机关，执委会则相当于司令部的领导机关。但凡部队重大事项，都由执委会讨论决定，交由主任签发。情况紧急时，由主任临时专断。
营、连一级参照设立执行委员会，由军官、士官长组成。
设立执行委员会、军人委员会，可以在制度层面保证军事发主。
五、黑旗军要履行多种职能。
除了行军打仗，还要组织政府、平均地权、开矿设厂、大办学校、宣传教育等。
譬如，黑旗军攻占南宁，就要组织军政府。为了提高效率，政府应由军队接管，采取军政府的形式。
要实行“均田免赋”，就要把地主的土地平分给农民。这就要统计人口，测量土地，设计分地方案。这些工作，也只能由军队来承担。
再譬如，要大办学校，但一时招募不到许多合格教师，就要组织教学培训，从军中选拔教学骨干，从民间遴选优秀知识分子，把民间知识分子培养成合格教师。